Dans la saison 13, l'Agence a été rachetée par le conglomérat d'espionnage connu sous le nom d'IIA (International Intelligence Agency). Alors qu'Archer et sa bande peinent à trouver leur identité en accomplissant d'étranges missions pour Fabian, une question se pose : parviendront-ils à conserver leur indépendance ou succomberont-ils à leurs maîtres corporatifs ?
Épisode 1
Archer doit gagner un concours d'agents à l'occasion d'une convention afin de sauver l'équipe. Robert menace Lana. Pam entre dans la mauvaise pièce.
Épisode 2
Une mission en Amazonie dégénère à cause de querelles insignifiantes, de câbles emmêlés, d'un chef complotiste et d'un hippopotame affamé.
Épisode 3
Les projets de Lana avec AJ sont mis à mal lorsque Fabian la charge de protéger un négociateur notoire de la pègre recherché par plusieurs gangs.
Épisode 4
Des agents suisses clandestins mettent la main sur l'un des appareils de Krieger, et Cyril tente de diriger la mission pour le récupérer. Pam fait une rencontre.
Épisode 5
L'équipe est surprise d'apprendre qu'Archer suit une thérapie. Mais lorsque l'IIA découvre que sa thérapeute n'est pas approuvée, les conséquences sont inattendues.
Épisode 6
Fabian fait une proposition à l'équipe : reprendre le contrôle total de l'agence, à la condition de lui rendre service en commettant un petit crime de rien du tout.
Épisode 7
L'équipe cherche à échapper au FBI, mais Lana doit assister à l'audience pour la garde d'AJ. Archer imagine un plan absurde pour qu'elle arrive à temps au tribunal.
Épisode 8
Avec l'aide d'un vieil ami, l'équipe tente de déjouer les ignobles plans de Fabian. L'agence règle enfin sa crise d'autorité.