Saison 1

Gwen quitte Bellwoood pour aller faire ses études. Kevin l'accompagne, mais comme il ne reviendra pas, Ben prévoit de travailler en solo. Après tout il est un super héros et il peut se débrouiller tout seul...

Ben et son nouveau coéquipier, Rook, partent à la poursuite des extraterrestres, qui étaient venus racketter monsieur Bownan dans une ville alien souterraine. Ben ne pense qu'à une chose, remplir son estomac car il n'a pas petit-déjeuné. Rook prend sa première mission très au sérieux et mène son enquête...

Ben et son nouveau partenaire, Rook, arpentent la ville pour venir en aide à la population souvent agressée par des extraterrestres prêts à tous les mauvais coups. Après avoir réglé quelques délits mineurs, ils croisent la route d'un jeune garçon qui leur paraît trop normal pour être honnête. Ils décident de le suivre, ce qui va les conduire tout droit à une situation des plus périlleuses...

Alors qu'Azmuth travaille à la construction d'un second Hélix, Virus vient dans son laboratoire pour lui faire comprendre qu'il n'attendra pas une minute de plus pour obtenir la mise à jour qu'Azmuth lui promet depuis des années...

Ben fait la connaissance d'un dénommé Professeur Hokestar. C'est un charlatan qui essaye de vendre son élixir miracle. Il propose à Ben de devenir l'ambassadeur officiel de sa production. Ben lui dit qu'il va réfléchir...

Ben se demande qui peut bien lui en vouloir à ce point et lui envoyer des créatures aliens pour l'attaquer. Il est convaincu que c'est le docteur Animo. Il se rend dans sa cellule mais ce dernier s'est échappé. Il va donc se lancer à sa recherche...

Suite à une attaque de la Terre Rook et Ben empruntent un vaisseau spatial pour voir d'où l'attaque est venue. Grand Père Max leur demande d'être prudents parce qu'ils sont à bord d'un vaisseau dont ils ne connaissent rien...

Après un vol dans un laboratoire, Ben et Rook prennent la relève de la police municipale et se lancent à la poursuite du voleur, qui est en fait une voleuse, Ester. Elle les entraîne dans des galeries souterraines où ils vont devoir laisser le butin du larcin, un dispositif de fusion, à la tribu des Kraahos, pour pouvoir regagner sains et saufs la surface...

Rook et Ben se disputent et Rook plante là son partenaire alors qu'un grand danger le menace. Pour le compte de Virus, Khyber pourchasse Ben, aidé de son chien qui a la capacité de se transformer en prédateur adapté à chaque alien de Ben…

Rook et Ben se disputent, Rook plante là son partenaire, alors qu'un grand danger le menace. Pour le compte de Virus, Khyber pourchasse Ben, aidé de son chien qui a la capacité de se transformer en prédateur adapté à chaque Alien de Ben. Il a besoin d'un échantillon de l'ADN de Ben, seul élément qui lui manque pour finaliser son funeste projet, une réplique de l'Omnitrix : le Némétrix. C'est sans compter sur le brio de notre héros et de son acolyte Rook.